Kościół Mariacki w swej wielowiekowej historii posiadał znakomite instrumenty. Nieraz było ich aż pięć jednocześnie. Działali w nim również wybitni organiści i kompozytorzy, których dzieła, dziś odkrywane, reprezentują wysoki europejski poziom. Już w 1385 r. przy ul. Św. Ducha mieszkał »magister organista«. W 1447 r. żona niejakiego Didrika Lange zapisała w testamencie 20 marek na budowę kościoła, jak również dla uczniów uczących się gry organowej. Świadczy to o wysokim poziomie wykonywanych utworów, skoro w 1455 r., sekretarz rady miejskiej, autor kroniki wojny 13-letniej magister Johannes Lindau, zapisałw testamencie 200 marek, aby na chórze kościoła wykonywano chorał»haec est dies«. W latach 1459/68 organy obsługiwał pierwszy znany z nazwiska »orghelist« mistrz Paul Schuldte. W 1475 r. kościół posiadał już duży instrument i dwa małe.
Organy, które przed wojną znajdowały się w nawie głównej, kościoła mariackiego postawione były w latach 1935/38 przez firmę Kemper z Lubeki i posiadały (łącznie) 120 głosów. Niestety uległy one zniszczeniu w czasie II-giej wojny światowej.
W 1961 r. na chórze muzycznym nad zakrystią umieszczono duże ... braki !!! ...
Fischer, Krzysztof Bolez i Kaspar Boenicgmann. Prace malarskie i pozłotnicze wykonał wybitny gdański artysta Dawid van den Blocke. W dniu 9 kwietnia 1629 r. budowa organów w kościele św. Jana została ukończona. Łączny koszt budowy instrumentu wyniósł 11 621 marek. Pod koniec II-giej wojny światowej snycerka organowa oraz piszczalki prospektowe zostały zdemontowane i zdeponowane w różnych miejscach w pobliżu Gdańska.
Prace studyjne nad rekonstrukcją instrumentu rozpoczęto już w 1972 r. Spotykały się one z licznymi przeszkodami ze strony ówczesnych władz komunistycznych, zdecydowanie przeciwnych kontaktom polsko-niemieckim. W sierpniu 1980 r. rozpoczęto prace konserwatorskie przy prospekcie organowym oraz budowę chóru muzycznego. Dwa lata póżniej, w sierpniu 1982 r. zespół pracowników firmy Braci HilIebrand rozpoczął montaż zasadniczych elementów wyposażenia instrumentu. Prace przy rekonstrukcji i odbudowie organów trwały równo pięć lat. Dnia 18 sierpnia 1985 r. o godz. 12.00 Biskup Ordynariusz Gdański dr Tadeusz Gocłowski uroczyście poświęcił instrument, w obecności obu komitetów odbudowy organów: polskiego i niemieckiego, fundatorów, duchowieństwa. dyplomatów i licznych rzesz ludzi z obu państw.
Nie obeszło się bez »zgrzytu« ze strony władzy, która odmówiła prawa udziału w uroczystości Hansowi Koschnikowi. Ten wybitny polityk niemiecki został przez reżim komunistyczny określony jako agent CIA i persona non grata w Gdańsku. Wobec stanowczych protestów, pan Hans Koschnik mógł w końcu uczestniczyć w poświęceniu oragnów, lecz nie jako nadburmistrz Bremy i członek Bundestagu, lecz jako mąż swojej żony, członka komitetu odbudowy organów.
Elementy drewniane organów wykonane są z sosny, dębu i lipy a piszczałki ze stopu cyny i ołowiu. Stół gry jest wykonany z bardzo twardego drewna o nazwie grenadill, zaś klawiatura z kości słoniowej. Uchwyty do rejestrów posiadają bursztynowe wkładki i srebrne nakładki. Tło elementów drewnianych pokryte jest polichromią w kolorach: czarnym, brunatnym i błękitu morskiego. Ornamenty i szaty są koloru białego a całość, kolorystycznie uzupełniają delikatne złocenia.
Bogaty program ikonograficzny zawarty jest na płaszczyznach balustrady chóru muzycznego. Przedstawione są tam dzieje starotestamentowego Tobiasza. Pierwsza od lewej reliefowa kompozycja przedstawia scenę grzebania przez ojca i syna Tobiaszów zabitego w czasie zajść ulicznych Izraelity. Następna scena przedstawia dwa wydarzenia: pożegnanie Tobiasza z rodzicami przed wyruszeniem w daleką wędrówkęoraz oślepnięcie ojca Tobiasza. Dalej widzimy Tobiasza i anioła Rafała
nad rzeką Tygrys, z której wyciągają olbrzymią rybę. Czwarty relief przedstawia zaślubiny Tobiasza z Sarą. Następny ukazuje dwa epizody: Ojciec Sary kopiący grób dla Tobiasza, przekonany, że zginie on zabity przez demona podobnie jak poprzedni kandydaci do jej ręki oraz służąca, która widzi małżonków śpiących spokojnie obok siebie w dużym baldachimowym łożu. W ostatniej scenie przedstawiony jest powrót Tobiasza do domu i przywrócenie wzroku ojcu.
Poszczególne sceny przedzielone są personifikacjami cnót. Od lewej widzimy: Czujność, której symbolem jest pies, Mądrość z księgą, Nadzieja z gołębiem, Miłość z dzieckiem na ręku, Sprawiedliwość z mie
czem i wagą, Roztropność z wężem i lusterkiem, Umiarkowanie, którego
symbolem jest dzban z wodą dolewaną do pucharu wina. Następna alegoria nie posiada atrybutu a dalej występuje Pobożność z rękoma złożonymi do modlitwy i Łagodność z barankiem.
Pod scenami ukazującymi dzieje Tobiasza, w dolnej partii balustrady, znajduje się sześć kompozycji przedstawiających alegorycznie cztery pory roku i cztery żywioły. Od lewej widzimy: personifikację wiosny i lata. Są to półleżące kobiety. Symbolem wiosny jest bukiet kwiatów w wazonie i wieniec z kwiatów w ręku kobiety. Lato wyobraża snopek zboża i sierp w ręku niewiasty oraz ul, z którego roją się pszczoły. Po przeciwnej stronie balustrady widzimy personifikacje jesieni i zimy, również półleżące, wspierające się o pniak ściętego drzewa. Jesień to kobieta w średnim wieku trzymająca róg obfitości pełen różnorakich owoców. Zimę symbolizuje starszy mężczyzna, który ogrzewa sobie ręce nad kociołkiem wypełnionym żarem. W drugiej kwaterze przedstawiona jest młoda kobieta w lużnej sukni, leżąca wśród drzew, skał i zieleni. W lewej ręce trzyma róg pełen rozmaitych kwiatów, w prawej dzbanek, z którego wylewa strumień wody. Po przeciwnej stronie pozytywu w czwartej kwaterze widzimy leżącego mężczyznę z wieńcem z gałązek i kwiatów na głowie, spoczywającego na skałach wśród drzew. Są to bogowie rzek, których symbolem jest woda i bujna roślinność.
Środkowe kompozycje po obu stronach prospektu ukazują cztery żywioły. Ziemię symbolizuje naga kobieta z przepaską na biodrach, która jedzie na rydwanie w kształcie rogu obfitości, wypełnionego owocami i kwiatami, ciągniętym przez wilczycę. W rękach trzyma kosę oraz łopatę. Wodę symbolizuje Neptun jadący na delfinie. Alegoria powietrza to młoda dziewczyna w rozwianej szacie, jadąca fantastycznym pojazdem ciągniętym przez ptaki. Ogień natomiast wyobraża brodaty mężczyzna jadący wozem ciągniętym przez salamandrę. Na głowie ma on koronę, a w rękach dwie płonące pochodnie. W tymże ciągu, pod pozytywem organowym widzimy dwie rzeżbione sceny. Pierwsza przedstawia koncert anielski wykonywany na różnych instrumentach, wśród których jest również mały pozytyw organowy. Relief od strony południowej odnaleziony został dopiero we wrześniu 1992 r. Przedstawia on króla Dawida grającego na harfie i tańczące aniołki. Pod centralną wieżą pozytywu znajduje się scena przedstawiająca Dawida grającego na harfie przed królem Saulem i grupą wojowników. Pod emporą chóru muzycznego podwieszone są trzy ozdobne kartusze z owalnymi kompozycjami przedstawiającymi: Salome domagającą się od Heroda głowy Jana Chrzciciela, Prowadzenie Jana Chrzciciela na ścięcie i Złożenie do grobu ciała św. Jana. Dalsze treści przekazywane są przez symboliczne rzeżby.
Na szczycie wieży środkowej pozytywu znajduje się anioł w towarzystwie dwóch cnót: Nadziei z kotwicą i ptakiem oraz Miłości z dzieckiem i jabłkiem. Wieżę lewą wieńczy anioł oraz Mądrość z lusterkiem i Wiara z kielichem. Wieżę prawą zdobi anioł oraz Wytrwałość z kolumną i Sprawiedliwość z mieczem i wagą. Szczyty wież szafy głównej zdobią wolno stojące figury, muzykujących aniołów. Na szczycie wieży środkowej umieszczona jest gołębica z zieloną gałązką w dziobie. Na podsufitce chóru znajduje się 14 ośmiokątnych tarcz heraldycznych. Na każdej z nich widzimy anioła trzymającego tarczę z gmerkiem starszyzny kościelnej z 1625 r. lub pustą tarczę przygotowaną dla przyszłych dobrodziejów i fundatorów.
Instrument usytuowany jest na chórze muzycznym o powierzchni 140 m2. Wysokość szafy głównej wynosi 12 m, szerokość zaś 6,5 m. Organy mariackie posiadają 46 rejestrów zgrupowanych w czterech sekcjach. Są to: sekcja główna, sekcja przednia, pozytyw i klawiatura nożna. Szafa gry, posiada trzy klawiatury manuałowe o rozpiętości C, D-d3 i klawiaturę nożną o rozpiętości C-f!. Zgodnie z historycznymi wzorami w organach mariackich zastosowano miechy klinowe.
Z historycznych piszczałek zachowały się prospektowe, z wyjątldem siedmiu największych, których nie udało się odnależć. Zostały one zrekonstruowane.
